שקנאי מצוי מקנן באירופה. עם ירידת הטמפרטורות שם, נודד שקנאי נפוץ לאזורים חמים יותר באפריקה. במהלך נדודיהם, חולפים שקנאים גם מעל ישראל. השקנאים חולפים פעמיים בשנה מעל ישראל: בסתיו דרומה ובאביב צפונה. שקנאי מצוי הוא עוף נודד נפוץ בישראל. במהלך מעופו, הוא עוצר להפסקה במספר אזורים מוכרים בישראל. הנפוץ שבהם הוא אגמון החולה. שם הם מבלים למשך תקופה קצרה טרם המראתם לכיוון יעדם.

שקנאי מצוי הוא עוף גדול ממדים. מוטת כנפיו עשוי להגיע לכדי 3 מטרים. אורך גופו הוא כ-1.7 מטרים. משקלו הרב מגיע לכדי 9 ק"ג. לרוב, יהיו הזכרים גדולים מהנקבות. סממנן לזיהוי נוסף בין הזוויגים (זכר \ נקבה) הוא אורך המקור. מקורם של הזכרים הוא ארוך יותר. אורכו מגיע לכדי 40 ס"מ. אצל הנקבות המקור צנוע יותר בממדיו (כ-30 ס"מ בלבד). רגליו של שקנאי מצוי הם קצרות וחזקות. הם בנויים בצורה מסיבית על מנת לתמוך בכובד משקלו הרב. בקצה הרגל קיימים 4 אצבעות אשר מחוברים בניהם בקרום שחייה אשר מסייע להם לשייט במים.

צבע נוצותיו של שקנאי מצוי הוא לבן. כאשר הוא ניזון מדגים, בלוטת שומן הנמצאת בגופו מפרישה שומנים המכסים את נוצותיו. כאשר הוא נמצא בשמש, מעניקים שומנים אלו לנוצותיו גוון ורדרד. צבע תחתית הכנף הוא שחור. צבע זה נוצר בזכות חומר בשם "מלנין" המעניק לנוצה חוזק וצבע שחור בוהק. סט צבעיו של שקנאי מצוי בוגר שונה מצבעו של זה הצעיר. צבע הצעירים הוא חום-אפור. לאחר כ-4 שנים מיום היוולדם, זוכים הצעירים להיראות כבוגרים.

שקנאי מצוי ניזון מדגים אותם הוא תופס בקרבת המים. לעיתים מעדיף השקנאי מצוי בתי גידול מלאכותיים, כדוגמת בריכות דגים המשמשים לחקלאות ימית. שם מזונו מצוי בשפע. בשהותו בבריכת דגים, גורם השקנאי מצוי נזק עצום לדגה בה. שקנאי בודד ניזון בק"ג אחד של דגים ביום. להקה של שקנאים מונה אלפי פריטים (ולעתים אף יותר מכך) אשר מתנחלים בבריכת הדגים. הנזק לחקלאי הוא עצום ולכן הוא עושה כל שביכולתו על מנת להרחיק אותם משם. הפעולות הנפוצות לשם כך הם ירי באוויר אשר מרתיע את בעלי כנף גדולים אלו.

שקנאי מצוי הוא עוף חברתי כלפי בני מינו. גם כאשר מדובר בציד דגים לצורך תזונתו, הדבר נעשה תוך כדי שיתוף פעולה עם חברי הלקה. להקות שקנאים מתרכזים באזורים רוויים בדגה, אז מתחילים חברי הלקה להניס את הדגים הרבים אל המים הרדודים. דחיפת הדגים לכיוון המים הרדודים נעשית על ידי דחיפת המקור אל המים תוך חבטות במים. לעיתים שקנאים מסתדרים בשורה לצורך כיוון מדויק של הדגים אל יעדם. דחיפת המקור למים נעשית בהרמוניה מתוזמנת היטב על ידי הפריטים בלהקה. לכשהגיעו אל המים הרדודים, שם סיכוייו של שקנאי מצוי ללכוד את מזונו משתפרים.